El Comercio
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Nuevo Atlas de genes y proteinas para el tratamiento personalizado del cáncer
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Dámaso Escribano | 27-08-2017 | 12:07

Genes de la mitosis y el crecimiento celular están ligados a una supervivencia más corta

Investigadores suecos han hecho público un nuevo Atlas de la Patología Humana con un análisis de todos los genes humanos en todos los principales cánceres mostrando la consecuencia de sus niveles de proteínas correspondientes para la supervivencia global del paciente. La diferencia en los patrones de expresión de los cánceres individuales observados en el estudio refuerza fuertemente la necesidad de un tratagenes-y-cancermiento personalizado del cáncer basado en la medicina de precisión. El Atlas está disponible a través de una base de datos interactiva de acceso abierto. Publicado en “Science”, el Atlas se basa en el análisis de 17 tipos principales de cáncer utilizando datos de 8.000 pacientes. Además, se introduce un nuevo concepto para mostrar los datos de supervivencia de los pacientes, denominado parcelas de dispersión interactiva de supervivencia, y el atlas incluye más de 400.000 parcelas. Se utilizó un centro nacional de supercomputación para analizar más de 2,5 petabytes de los datos subyacentes disponibles públicamente en The Cancer Genome Atlas (TCGA) para generar más de 900.000 parcelas de supervivencia describiendo la consecuencia de los niveles de ARN y de proteínas en la supervivencia clínica. El Atlas de Patología también contiene 5 millones de imágenes basadas en la patología generadas por el consorcio Atlas de Proteínas Humanas. El profesor Mathias Uhlen, director del consorcio Atlas de Proteínas Humanas y líder del Atlas de Patología, dice: “Este estudio difiere de investigaciones anteriores de cáncer, ya que no se centra en las mutaciones en los cánceres, sino en los efectos descendentes de estas mutaciones en todas las proteínas. Muestra la influencia de los niveles de expresión génica que demuestran el poder de los ‘grandes datos’ para cambiar la forma en que se realiza la investigación médica y la ventaja de las políticas de acceso abierto en la ciencia en las que los investigadores comparten datos entre sí para permitir la integración de grandes cantidades de datos de diferentes fuentes”. El artículo de investigación publicado en “Science” informa de varios hallazgos importantes relacionados con la biología y el tratamiento del cáncer. En primer lugar, una gran parte de los genes se expresa diferencialmente en los cánceres y en muchos casos tienen un impacto en la supervivencia global del paciente. La investigación también mostró que los patrones de expresión génica de los tumores individuales variaron considerablemente, y podría superar a la variación observada entre los diferentes tipos de cáncer. Una supervivencia más corta de los pacientes se asoció generalmente con la regulación de los genes implicados en la mitosis y el crecimiento celular, y la regulación a la baja de los genes implicados en la diferenciación celular. Los datos permitieron a los investigadores generar modelos metabólicos personalizados a escala genómica para que los pacientes con cáncer identificaran los genes clave implicados en el crecimiento tumoral. El trabajo dependió en gran medida de la potencia de supercomputación disponible para el consorcio ‘Human Protein Atlas’ a través del Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Según el Dr. Adil Mardinoglu, científico de SciLifeLab y líder del esfuerzo de biología de sistemas en el proyecto: “Ahora estamos en posesión de herramientas de biología de sistemas increíblemente poderosas para la investigación médica, permitiendo, por primera vez, el análisis de todo el genoma de pacientes individuales en lo que respecta a la consecuencia de sus perfiles de expresión para la supervivencia clínica”.